El INIFTA se estructura alrededor de proyectos de investigación en los siguientes grandes temas:
• Conversión y Almacenamiento de Energía
• Cinética y Fotoquímica
• Materiales y Superficies
• Química y Física Teórica
• Nanotecnología
• Fisicoquímica Orgánica y de Sistemas Biológicos
